馬尾區（古屬福州府閩縣）位于東經119°37′，北緯25°29′，地處我國東南沿海、閩江下游北岸，距閩江口17海里，是福建省的軍商要港，福州的水上門戶。這一帶正是烏龍江、白龍江與琴江三江交匯的地方，三江自閩安鎮、長門流入東海。東南臨江與長樂區隔江相望，東北毗鄰連江縣琯頭鎮，西與晉安區宦溪鎮接壤，地勢西北高東南低。地質構造處在中國東南沿海華廈系第二復式隆起帶東緣福州盆地東側，屬江口溺谷海灣型游沙堆積，區內第四系厚度一般為30－40米，自山邊沿江增厚，基巖為變質火山巖和花崗巖。馬尾屬南亞熱帶海洋季風氣候，全年冬短夏長，溫暖濕潤，溫和多雨，四季如春，年平均氣溫19℃，是夏日避暑休閑的好去處，境內主導風向為東北風，年降雨量約1382毫米。地表水資源豐富，閩江年過境徑流量611.35億立方米。土壤有紅壤、潮土、風沙土、鹽土和水稻土等5種。植被屬南亞熱帶季雨林和亞熱帶常綠闊葉林交接處，種類繁多，主要為常綠闊葉林，主要樹種有馬尾松、杉木、榕樹、相思樹等。